Jetpackがアクセス制限で利用できない

Jetpackの更新をしたあと、以下のエラーメッセージが出てJetpackが利用できなくなってました。

Jetpack を利用するには、サイトが公開されていて、アクセス制限がかかっていない必要があります: site_inaccessible
エラー詳細: The Jetpack server was unable to communicate with your site [HTTP 403]. Ask your web host if they allow connections from WordPress.com. If you need further assistance, contact Jetpack Support: http://jetpack.me/support/

以下のJetpackのデバッグサイトにそのサイトのURLを入れると、403エラーでXML-RPCが動作していないとの診断でした。
http://jetpack.me/support/debug/
実は.htaccessで「xmlrpc.php」へのアクセス制限をかけていました。

<Files xmlrpc.php>
deny from all
</Files>

以下のように「.wordpress.com」からのアクセスを許可しても症状は変わらず。

<Files xmlrpc.php>
deny from all
allow from .wordpress.com
</Files>

仕方ないので、これらの記述を削除。
すると、問題なく認証が進みました。
認証が終わったら、元の記述を再追加。
アクセス解析自体はxmlrpc.phpのアクセス制限をしても問題無いようで、
何もエラーメッセージは出ずに、グラフなどが表示されました。