ウィンドウが勝手に非アクティブになる原因と対策

ウィンドウが勝手に非アクティブになるのは、
「他のアプリが勝手に動作してアクティブを奪っている」からです。

対策としては、My Window Loggerというフリーウェアがあります。

このフリーウェアはアプリのアクティブ状態を記録する機能があります。
勝手に非アクティブになる原因アプリを突き止められます。

インストール後に起動し、後は当該ウィンドウが勝手に非アクティブになるのを待ちます。
非アクティブになったら「ログ」を開きます。
アクティブ履歴から原因となっているアプリを見つけます。

その原因アプリの設定を変えるなり、アプリをアンインストールするなりします。