He was deadという表現は何がおかしいのか

He was deadは死んだ事を過去にするので、今は生きているという含意になります。
なので「彼は死んでいる(死んだ)」と言いたい時は、He is deadが正解です。

ちなみにゾンビ映画ではこのような表現が普通に出てきます。
それは死んだはずの人が蘇生して動き出すからです。

ミステリーにも同じような表現が出て来る事があります。
この場合は登場人物が死んだフリをするトリックを使っているからです。